1.根據(jù)質(zhì)粒能否通過細菌的接合作用，可分為接合性質(zhì)粒和非接合性質(zhì)粒。接合性質(zhì)粒帶有與接合傳遞有關(guān)的基因。非接合質(zhì)粒在一定條件下通過與其共存的接合質(zhì)粒的誘動或轉(zhuǎn)導(dǎo)而傳遞。

2.根據(jù)質(zhì)粒在細菌內(nèi)的復(fù)制類型可分為兩類：嚴緊控制型和松弛控制型。

嚴緊控制復(fù)制型質(zhì)粒的復(fù)制酶系與染色體DNA復(fù)制共用，只能在細胞周期的一定階段進行復(fù)制，當(dāng)細胞染色體停止復(fù)制時，質(zhì)粒也就不再復(fù)制。松弛控制復(fù)制型的質(zhì)粒的復(fù)制酶系不受染色體DNA復(fù)制酶系的影響，在整個細胞生長周期中隨時都可以復(fù)制，在染色體復(fù)制已經(jīng)停止時質(zhì)粒仍能繼續(xù)復(fù)制。

3.根據(jù)質(zhì)粒的不相容性，可分為不相容性和相容性。不相容性指結(jié)構(gòu)相似、密切相關(guān)的質(zhì)粒不能穩(wěn)定地共存于同一宿主細菌內(nèi)的現(xiàn)象，反之為相容性。常用于流行病學(xué)的調(diào)查。

質(zhì)粒具有自主復(fù)制能力，使其在子代細胞中也能保持恒定的拷貝數(shù)，并表達所攜帶的遺傳信息。細菌質(zhì)粒是DNA重組技術(shù)中常用的載體。載體是指把一個有用的外源基因通過基因工程手段，送進受體細胞中去進行增殖和表達的工具。將某種目標(biāo)基因片段重組到質(zhì)粒中，構(gòu)成重組基因或重組體。然后將這種重組體經(jīng)微生物學(xué)的轉(zhuǎn)化技術(shù)，轉(zhuǎn)入受體細胞(如大腸桿菌)中，使重組體中的目標(biāo)基因在受體菌中得以繁殖或表達，從而改變寄主細胞原有的性狀或產(chǎn)生新的物質(zhì)。